高新技术企业认定的程序主要包括以下步骤：

1. 自我评价：企业依据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》，从知识产权、技术领域、科技人员占比、研发费用投入、高新技术产品（服务）收入等方面进行自我评价，判断是否符合认定条件。

2. 注册登记

• 国家系统注册：企业登录 “高新技术企业认定管理工作网”，填写《企业注册登记表》，提交至认定机构，待认定机构核对并确认激活后，方可进行后续申报。

• 地方系统注册：部分地区有当地的科技业务管理系统，企业还需按当地要求注册登记。

3. 提交材料

• 网上申报：企业登录 “高新技术企业认定管理工作网”，填写《高新技术企业认定申请书》，并通过网络系统提交知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等材料。

• 书面材料：向认定机构提交书面材料，通常包含在线打印并签名、加盖企业公章的《高新技术企业认定申请书》，企业营业执照等相关注册登记证件的复印件，知识产权相关材料等。

4. 专家评审：认定机构收到申报材料后，从专家库中抽取至少 5 名评审专家，其中技术专家不少于 60%，并至少有 1 名财务专家。专家对企业申报材料进行审查，包括合规性审查、独立评价和综合评价等环节。

5. 综合评审与实地核查：认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审，可视情况对部分企业进行实地核查，提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间一般不得晚于当年 11 月底。

6. 公示与备案

• 公示：经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在 “高新技术企业认定管理工作网” 公示 10 个工作日。

• 异议处理：有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理。领导小组办公室也可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。

7. 颁发证书：公示无异议的企业，由认定机构颁发 “高新技术企业证书”，证书加盖科技、财政、税务部门公章。